该堂肇基于广州五仙西。清同治九年（1870年），传教士购得五仙西铺屋，改作寄庐，开设男女学校及福音堂。
清宣统元年（1909年），于东山寺贝通津9号重建新堂，并于当年成立东山浸信教会，按立余瑞云为牧师。
因信徒日增，遂于民国16年（1927年）将旧堂扩建成钢筋混凝土结构的两层楼房，占地1000平方米，设有1300个座位。民国38年（1949年），华侨捐资增建牧师楼一座，开办安老院、主日学堂及所接收慕光瞽目学校等，发行《朝曦》月刊，有信众2000余人。
1979年9月30日，首先复堂。1986年收回被占的房地产，将主日学堂和副堂房屋借出办广东协和神学院。1987年，市基督教三自爱国会和基督教协会迁此办公。 | 
